Nezavisnu Državu Hrvatsku, jednostranačku totalitarnu diktaturu, proglasio je 10. travnja putem radija Slavko Kvaternik. U NDH je vlada formalno bila na čelu izvršne vlasti, no sve je značajne odluke donosio Poglavnik Ante Pavelić koji je od 1941. do 1943. bio i predsjednik vlade.
Godine 1942. zasjedao je i Hrvatski državni sabor koji nije imao nikakva utjecaja na razvoj unutarnjih prilika. Zlostavljanju i istrebljenju Srba i Židova NDH je pristupila jednakom žestinom, no dok je rješenje židovskog pitanja uzor imalo u rasnoj politici Trećeg Reicha, pitanje Srba postavilo se kao specifičan zadatak ustaškog režima. Glavni val huškačke propagande protiv Srba visoki ustaški dužnosnici podigli su tijekom svibnja i lipnja 1941. na organiziranim političkim skupovima.
Paralelno s propagandom, od prvih dana NDH uslijedile su konkretne akcije terora – iseljavanja i obilježavanja, batinanja i krađe, uhićenja i pokolja, poput onih u selima Gudovac, Blagaj i Glina. Srbima je nizom administrativnih mjera u NDH zabranjena upotreba ćirilice, organizacija srpsko-konfesionalnih škola i zabavišta, slobodno kretanje te život u boljim gradskim četvrtima. Učestali su slučajevi oduzimanja imovine, otkaza iz državne službe te deportacija kojima su bili pogođeni i Židovi i Srbi (usp. Zakonska odredba o državljanstvu, Zakonska odredba o rasnoj pripadnosti, Zakonska odredba o zaštiti arijske krvi i časti hrvatskog naroda, Zakonska odredba o zaštiti narodne i arijske kulture hrvatskog naroda).
Ugledni građani Zagreba srpske narodnosti koje se smatralo zaslužnima za novu državu i čiji je rad bio neophodno potreban uz veće su ili manje neugodnosti, poput registracije i nošenja “srpske iskaznice”, mogli nastaviti živjeti i raditi, dok je ruralno stanovništvo mnogo češće bilo izloženo nasilju. Uz diskriminirajuće zakonske odredbe koje su progone, zatvaranja i prijeke sudove učinili svakodnevnima, u izrazito neorganiziranoj državi koja se vrlo skoro suočila s nestašicama i nepotpunim teritorijalnim suverenitetom, bilo je moguće da se pojedine grupe ustaša na vlastitu ruku upuste u pokolje za koje bi bile simbolički ili nikako kažnjene. Tihom negodovanju i hrvatske javnosti uz politiku terora svakako je doprinijelo i prepuštanje važnih dijelova Dalmacije Italiji (Rimski ugovori). Ustaško nasilje, ne samo prema Srbima i Židovima, već i prema većinskom hrvatskom stanovništvu koje se nije slagalo s ustaškom politikom, prouzročilo je antifašistički, partizanski oružani otpor u ljeto 1941. Prvi sabirni i radni logori u koje su zatvarani Srbi, Židovi, Romi i politički protivnici režima, uključujući i brojne Hrvate, osnovani su već sredinom travnja 1941. (Danica), a do kraja iste godine stvorena je i zakonska osnova za upućivanje nepoćudnih na prisilni boravak i rad u logore, među kojima je najveći i najzloglasniji bio kompleks Jasenovac otvoren u kolovozu 1941.